无论是小型台式高压灭菌器还是房间大小的大型高压灭菌器，所有高压灭菌器均以与普通厨房高压锅相同的原理操作—门被锁定以形成密闭腔室，腔室内的所有空气均被蒸汽代替。然后，在排出蒸汽并取出货物之前，先对蒸汽加压以达到所需的灭菌温度和时间。这是灭菌周期的各个阶段。

1.排冷空气阶段：蒸汽流过灭菌器，开始排出空气的过程；温度和压力略有上升，以进行连续排出冷空气。

2.暴露（灭菌）阶段：在此阶段，对高压灭菌器的控制系统进行编程以关闭排气门，从而使内部温度和压力升高到所需的设定值。然后，程序将保持所需的温度（驻留时间），直到达到所需的时间为止。

3.排气阶段：尽管内含物仍然比较热，但压力通过排气阀从腔室释放，内部恢复到环境压力。